应用化学专业于1992年获江苏省教委批准设立，1993年正式开始招收本科生。2002年化学与环境科学学院成立，随后在原有机化学、应用化学和高分子化学教研室基础上成立了应用化学系。
近年来，应用化学系围绕学科发展方向和人才培养需要，建设了一支学历层次高，整体科研和教学能力强，年龄结构、学历结构、职称结构合理，朝气蓬勃、富于创新的学术队伍。本系现有教师20人，其中教授7人，副教授9人。教师中17人拥有博士学位，多人具有在国(境)外知名大学或研究机构从事合作研究、访问研究或攻读学位的经历。并有江苏省“333”工程培养对象1人，省“优秀中青年骨干教师”1人。
本系拥有有机化学、应用化学和高分子化学3个硕士学位点。为了对高水平科学研究和创新人才培养提供有力的支撑，围绕主要研究方向，以本系教师为骨干力量，成立了江苏省生物功能材料重点实验室、江苏省生物医药功能材料工程研究中心和江苏省萃取分离工程研究中心等科研基地和研究开发机构，团队联合研究的态势已基本形成。主要研究方向包括生物功能材料、医用材料、光电材料、有机合成方法学以及萃取分离方法等。目前实验室总建筑面积达4千平方米，设备总值近千万元人民币。近3年来本系教师主持国家自然科学基金面上项目5项，江苏省科技转化基金项目2项，省自然科学基金面上项目多项，并承担地方和企业的重大技术开发项目总计超过1000万元。近年来在包括Chem. Rev.、Langmuir、Chem. Commun.、Adv. Func. Mater.等国际权威期刊在内的国内外专业期刊发表论文多篇，获发明专利授权数十项。科技转化项目取得产值超亿元人民币。
应用化学本科专业设有化工过程与工艺、材料合成与工艺、精细化工、高分子材料、有机合成、材料化学等专业方向，目标为适应本省社会经济发展的需求，培养既有扎实化学化工专业基础，又有较强实践和应用能力的高层次人才。毕业生主要就业于省内外化工以及相关企业。由于综合优势较为明显，因此毕业生在社会上有较强的竞争力，受到用人单位的普遍好评。