合肥工业大学计算机应用专业创办于1976年，1977年首次招收计算机应用本科生，1978年开始招收和培养研究生，1981 年获计算机应用技术硕士学位授予权，1986年获计算机应用技术博士学位授予权，1996年获计算机软件与理论学科硕士授予权。1987年计算机应用专业获机械部部级重点学科，2001年计算应用技术学科获安徽省级重点学科。2001年和2002年分获计算机技术和软件工程的工程硕士授予权。计算机应用技术是国务院学位办批准的招收在职人员攻读硕士学位的招生学科。
2000年在学校院系调整和人事制度改革中，在计算机与信息学院下成立了计算机科学与技术系。全系共有4个教研室，其中，计算机基础教研室负责全校本学院以外其它院系计算机基础教学，其它三个教研室负责计算机科学与技术专业教学。全系还设有人工智能、软件工程、计算机辅助工程与图形学等研究室。
在20多年的办学过程中，计算机科学与技术系逐步形成了重视理论基础学习，加强应用技术研究的办学特色。在人工智能应用，高可靠性系统结构与计算机控制，计算机辅助工程，图形学与计算可视化，信息系统开发理论、方法和环境等方面具有较强的实力，具有一定的影响。
近年来，计算机科学与技术系累计完成省部级以上课题32项，各类横向项目70余项，获国家科技进步三等奖1项，省部级科技成果奖20余项，省级优秀教学成果奖4项。在学术刊物和学术会议上发表学术论文380余篇，出版专著6部，全国性统编教材9部，其它各类教材45部。目前，承担国家自然科学基金项目3 项，教育部及安徽省级科研项目多项。
全系现有教师74人，其中从事计算机专业教学的教师58人。教师中博士生导师2名，教授8名，副教授19名，具有博士学位7人，博士后1人，具有硕士以上学位的教师占60%以上。
目前，计算机科学与技术系拥有计算机科学与技术与信息安全两个本科招生专业。
计算机科学与技术专业，即原计算机应用专业，1998年按照教育部颁布的《普通高等学校本科专业目录和专业介绍》要求改为计算机科学与技术专业。本专业培养具有良好的科学素养，系统地、较好地掌握计算机科学与技术包括的计算机硬件、软件与应用的基本理论、基本知识和基本技能与方法，能在科研部门、教育单位、企业、事业、技术和行政管理部门等单位从事计算机教学、科学研究和应用的计算机科学与技术学科的高级专门人才。
信息安全专业，是获教育部批准的新专业，2002年开始招生。本专业培养具有良好的科学素养，系统地、较好地掌握计算机科学网络与信息安全的基本理论、基本知识和基本技能与方法，能在科研部门、教育单位、企业、事业、技术和行政管理部门等单位从事计算机网络、通信、电子政务、电子商务等领域的信息安全高级专门人才。