合肥工业大学数学学院的前身是属于合肥工业大学基础部数学教研室，1985年由数学与力学两部分合并成立数学力学系，1996年合肥工业大学与安徽工学院合并成立了新的合肥工业大学，两校的数学、力学合并也成立新的数学力学系。1999年在学校的院系调整中，由数学力学系的数学部分和物理系合并成立理学院，2007年理学院分开成立了数学系，2009年4月撤销数学系，成立数学学院。经过多年的建设与发展，数学学院的学科学位建设和师资队伍建设都取得了显著的进步。本院现有专任教师102人，其中教授11人,副教授25人,拥有国家级教学名师1人，博士生导师2人，全国数学与统计学课程教学指导委员会委员1人。自九十年代以来，我院共获省部级以上自然科学奖2项，省级教学成果特等奖、一等奖，二等奖各一项，三等奖2项。主持国家自然科学基金6项，主持省部级科研项目15项，并发表了大量的科研论文和专著。《高等数学》为省级精品课程，《高等数学》教材为国家级“十一·五”规划教材，《线性代数》、《概率统计》、《代数编码》、《数学实验》、《数学分析》为校级精品课程。
目前，本院设有信息与计算科学、数学与应用数学专业两个本科专业，拥有应用数学、计算数学2个硕士点。全院设有基础数学系、信息与计算数学系、应用数学系、公共研究生数学教学部、大学数学教学部、工程数学教学部等6个系、部以及应用数学研究所、系统科学研究所、技术科学与模拟防真研究所、统计分析与运筹优化研究所共4个研究所。研究领域主要有：应用数值逼近、CAGD、应用统计、非线性动力系统、编码与密码、优化计算等专业方向。